Od 1.11. 2014 oficiálně zahájila svou činnost nově složená komise v čele s bývalým lucemburským premiérem Jeanem-Claudem Junckerem. Již 27. 11. 2014 však Evropský parlament, na návrh 76 europoslanců, hlasoval o jejím odvolání. Komise však toto hlasování ustála a dostala možnost předvést co dokáže.

Necelý měsíc poté, co Junckerova komise oficiálně zahájila výkon své funkce, byl Evropský parlament vyzván k hlasování o jejím odvolání. Hlasování bylo vyvoláno na žádost 76 europoslanců, kteří nejčastěji pochází z protievropské parlamentní frakce EFDD (= Evropa svobody a přímé demokracie). Objevili se zde však také poslanci ze stran UKIP (Strana nezávislosti Spojeného království) a francouzské Národní fronty Marine Le Penové. Z českých poslanců hlasovali v neprospěch nové komise Jan Zahradil, Evžen Tošenovský, Petr Mach, Jiří Maštálka a Kateřina Konečná. Svůj návrh odůvodnili ztrátou důvěry v nového předsedy, jež byl v době, kdy ještě působil jako premiér, zapleten v daňové aféřeLuxLeaks. Lucembursko uzavíralo dohody s nadnárodními firmami, díky nimž mohly tyto společnosti odvádět pouze zlomkové daně. Z úst kritiků častozaznívá, že řídit Evropskou komisi, která bojuje proti tzv. daňovým rájům a sám jeden vytvářet je pokrytectví. Sám Juncker se hájí tím, že byly všechny tyto smlouvy uzavřeny v souladu s mezinárodním právem.
Komise však hlasování o důvěře, které proběhlo 27.11.2014, ustála. Tento výsledek nebyl příliš překvapivý, protože bylo k vyslovení nedůvěry zapotřebí dvou třetinové většiny odevzdaných hlasů a většiny všech europoslanců. To však bylo nemyslitelné vzhledem k podpoře, kterou má Juncker od dvou největších parlamentních frakcí – lidovců a socialistů. Poměrně zajímavým faktem byl nárůst počtu europoslanců hlasujících v Junckerův prospěch o 39 hlasů, oproti původní volbě, díky níž se dostal na post předsedy. Proti hlasovalo 461 poslanců, 101 hlasovalo pro a 88 se zdrželo hlasování. Poslanci, jež se otevřeně postavili proti nové Komisi, nebyli dostatečně silní, aby dokázali prosadit svůj návrh. K zamyšlení však stojí, zda může být schopnost sesbírat potřebných 76 hlasů k vyvolání hlasování o vyslovení nedůvěry celé komisi, krajními protestními stranami v budoucnu užívána pro cílenou komplikacipráce komise.
Jako předseda komise Juncker stanovil následující priority: politika růstu a vytváření pracovních míst, přeměna politiky v nové Evropské energetické unii, přiměřená a vyvážená obchodní dohoda se Spojenými státy Americkými, reforma naší měnové unie, provedená tak, aby se nevytratil evropský sociální rozměr a odpověď na Britskou otázku, jejíž cílem je udržení Velké Británie v Evropské unii. Prohlásil také, že jeho tým bude více politický a efektivnější. Nově zavedl některé změny v portfóliích komisařů, jež mají pomoci k efektivnějšímu naplňování priorit v daných oblastech a jsou vzájemně více provázány. Například agendu občanství, která dříve náležela komisaři pro školství, kulturu a mládež vede nyní komisař pro migraci. Pozice komisaře pro migraci a vnitřní věci je letošní novinkou, má za úkol řešit problematiku přistěhovalectví pomocí následujících pěti pilířů: zavedení Společného evropského azylového systému, zintenzivnění praktické pomoci poskytované Evropským podpůrným azylový úřadem, posílit spolupráci se třetími zeměmi, zejména v severní Africe, legální přistěhovalectví a zajištění evropské hranice.
Margaritis Schinas, mluvčí komise, prohlásil, že je nová komise ochotna posílit spolupráci s médii, čímž chce Komisi přiblížit občanům unie. Juncker by taktéž rád ve srovnání s předchozími komisemi víc spolupracoval s ostatními institucemi. Evropská komise na konci každého kalendářního roku vypracovává Legislativní a pracovní program Komise, kde si určí cíle pro nadcházející rok. Tyto cíle jsou následně konzultovány s Evropským parlamentem. Předseda však navrhuje projednat tyto cíle i s členy Rady a posílit tím svůj výrok o nutnosti vzájemné spolupráce jednotlivých institucí.
Přes původní obtíže s genderovou nevyváženností týmu se nakonec Junckerovi podařilo dosadit 9 komisařek, což odpovídá počtu, který byl v komisi předešlé. Českou republiku reprezentuje exministryně pro místní rozvoj Věra Jourová, jejíž portfólio obsahuje oblast rovnosti pohlaví, spravedlnosti a ochrany spotřebitele, což znovu otevřelo debatu o silných a slabých portfóliích. Přestože byly prvotní ohlasy na přidělenou funkci ve směs negativní, Radek Špicar okomentoval resort jako velmi důležitý a perspektivní. „Dokonce si troufám tvrdit, že ekonomičtí komisaři mají nejvíce svázané ruce a jsou pod velkým tlakem dominantních zemí,“ napsal Karel Havlíček pro EurActiv. Tato pozice by mohla posloužit jako účinný nástroj pro zviditelnění, vzhledem k narůstajícímu počtu debat o dané problematice v posledních letech.